Preservar, difundir e incrementar el patrimonio documental del municipio de Colima, con el fin de salvaguardar la memoria histórica de la entidad, y contribuir a la transparencia en el ejercicio del poder público.
Ser un referente de la archivística nacional, con sólidos mecanismos de preservación, ordenamiento y resguardo de los acervos históricos del municipio de Coima, de conformidad con las mejores prácticas archivísticas internacionales.
Para su organización, el Archivo se divide en cinco áreas funcionales: Dirección, Administración, Acervo Documental, Investigación, y Fomento y Difusión. Las distintas actividades que realiza el Archivo no serían realidad sin el apoyo continuado de becarios y prestadores de servicio social.
Año con año, esta sección se encarga de elaborar el presupuesto de egresos que habrá de ser llevado a discusión ante la Junta de Gobierno. Aprobada por ésta, su presidente lleva ante el H. Ayuntamiento de Colima que deberá aprobar en su presupuesto general de egresos, en el ramo de subsidios, el correspondiente al Archivo Histórico del Municipio de Colima.
Aunque está previsto por la ley que también el Archivo reciba apoyos del Gobierno del Estado, de la Federación y de otras instituciones o de particulares, en realidad y hasta la fecha, ha sido gracias al subsidio municipal que esta casa ha podido desarrollar sus actividades.
Esta área está destinada a rescatar, conservar y custodiar la documentación heredada del periodo colonial y la que han generado y generan las diversas dependencias del Ayuntamiento de Colima a lo largo de siglos; asimismo, documentos escritos, bibliohemerográficos, audiovisuales, plásticos, artísticas o materiales logrados por conceptos diversos: donación, préstamo, consignación o compra.
Esta sección se encarga del rescate y difusión del legado histórico del municipio de Colima y la región, contenido en los acervos propios y de otros archivos. Los investigadores además están encargados de organizar, dirigir y asesorar investigaciones sobre la documentación histórica que se conserva y custodia en el Archivo.
Las líneas de investigación más desarrolladas tocan diversos tópicos: historia colonial de Colima, movimientos sociales (obreros y campesinos), Porfiriato, revolución y posrevolución, historia de la iglesia, entre otras.
Esta área se encarga de difundir los diversos aspectos relativos a la historia, identidad y conciencia cultural de los vecinos del municipio de Colima y su región. Un principio nos ha regido: la Casa del Archivo es la casa de todos los vecinos de Colima y, por tanto, se les facilitan sus instalaciones como tribuna abierta para todo tipo de formas de expresión.